年末調整は給与計算ソフトでどこまでできる？流れと電子化の注意点

年末調整は、毎月の源泉所得税の合計と、1年間の給与に対する正しい所得税額との差を精算する手続きです。多くの給与計算ソフトは、従業員が提出する申告書の情報を入力すれば、年税額の計算と、源泉徴収票の作成まで行えます。ただし、控除の対象になるかの判断や、申告書の記載内容の確認は、事業主側の責任です。この記事では、流れと電子化、確認すべき点を説明します。

年末調整の年間スケジュール

時期	作業	内容
10月〜11月	申告書の配布・回収	扶養控除等（異動）申告書、保険料控除申告書、基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書
11月〜12月	内容の確認・入力	控除証明書の確認、ソフトへの入力
12月	年税額の計算、過不足の精算	最後の給与（または賞与）で精算
翌年1月	源泉徴収票の交付、法定調書の提出	給与支払報告書は市区町村、源泉徴収票等は税務署へ（原則1月31日まで）

従業員に提出してもらう主な書類

給与所得者の扶養控除等（異動）申告書：扶養親族の状況を申告する。
給与所得者の保険料控除申告書：生命保険料、地震保険料、社会保険料（給与天引き以外の分）、小規模企業共済等掛金などの控除を申告する。
給与所得者の基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書：基礎控除、配偶者控除・配偶者特別控除、所得金額調整控除を申告する。

控除を受けるには、保険会社が発行する控除証明書などの添付や提示が必要なものがあります。

ソフトでできること

給与計算ソフトの年末調整機能は、製品によって差がありますが、一般的には次のことができます。

従業員が入力した申告内容（またはスマートフォンでの入力データ）を取り込む
控除額を自動計算し、年税額を算出する
過不足額を、最後の給与や賞与に反映する
源泉徴収票、給与支払報告書のデータを作成する
前年の申告内容を引き継いで、従業員の入力負担を減らす

多くの場合、年末調整の機能は、給与計算のみのプランでは使えない、あるいは別料金です。費用の確認は料金の見方を参照してください。

申告書の電子化

従業員が、スマートフォンやパソコンから申告書の情報を入力し、控除証明書は電子データを取り込む方法が普及しています。保険会社などから電子データで発行された控除証明書を使えば、紙の証明書を提出してもらう手間が減ります。国税庁は、年末調整の申告書を作成するための無料のソフトウェア（年末調整控除申告書作成用ソフトウェア）も提供しています。電子化に対応するソフトでも、従業員の同意や、本人確認の方法、データの保存方法を決める必要があります。

近年の制度改正に注意

年末調整は、税制改正の影響を受けやすい手続きです。令和7年度（2025年度）の税制改正で、基礎控除や給与所得控除の見直し、特定親族特別控除の新設などが行われ、2025年分の年末調整から反映されています。2026年分の取り扱いも、国税庁の最新の案内で確認が必要です。ソフトは更新により対応しますが、古いバージョンを使い続けたり、更新の適用が漏れたりすると、誤った計算になるため、年末調整の前に、最新版であることを確認しておきましょう。申告書の様式も改正されることがあります。

年末調整の対象外になるケース

年の途中で退職した人（一定の場合を除く）
年間の給与が2,000万円を超える人
扶養控除等申告書を提出していない人（乙欄適用の人）
災害により源泉所得税の徴収猶予を受けた人

また、中途入社の人は、前の勤め先の源泉徴収票を提出してもらい、前職分の給与も合算して計算します。提出されていないと、年税額を正しく出せません。

ソフトに任せきれない確認点

扶養親族の所得要件（合計所得金額）を満たしているか
配偶者の所得に応じた控除額の判断
保険料控除の証明書の内容と申告額が合っているか
住宅ローン控除（初年度は確定申告）の扱い
年の途中でソフトを乗り換えた場合の累計額

これらは、書類の内容を人が確認する必要があります。

年末調整で起きやすいミス

提出期限の遅れで、年末調整が間に合わない
扶養親族の変更を、従業員が申告し忘れる
前職の源泉徴収票を回収できていない
中途入社・退職者の取り扱いの誤り

ミスの防ぎ方は給与計算の10のミスでも触れています。

専門家に相談したほうがよいケース

複数の収入がある従業員、海外居住の親族を扶養している場合、制度改正で扱いが変わった控除の判断に迷う場合などは、税務署や税理士に確認してください。

年末調整を円滑に進めるための段取り

年末調整は、申告書の回収に時間がかかるのが一般的です。配布は10月下旬から11月上旬、提出期限は11月中旬から下旬に設定し、12月の給与計算に間に合うよう、余裕を持った日程を従業員に伝えます。提出が遅れている人には、早めにリマインドを送りましょう。また、記入例や、控除証明書の見方を添えて配布すると、記入漏れや不備が減ります。ソフトの電子化機能を使う場合は、利用方法の案内を併せて配布してください。

よくある質問

年末調整を忘れたらどうなりますか。

従業員が自分で確定申告をすることで精算できます。ただし、事業主の事務としては、年末調整の機会を逃さないよう、スケジュールを管理してください。

年末調整の申告書は、従業員のスマートフォンで入力できますか。

対応するソフトなら可能です。ソフトの機能と、従業員への案内方法を確認してください。

ソフト上の年税額が、手計算と合いません。

控除の入力漏れ、扶養の判定、古い税制の設定などが原因のことがあります。国税庁の最新の資料で確認してください。

参考情報

国税庁 — 年末調整の手引き、申告書の様式、無料ソフトウェア
総務省 — 給与支払報告書など地方税関連の案内
eLTAX（地方税ポータルシステム） — 給与支払報告書の電子提出